Au XVII siècle, l’ingénieur Paul Riquet cherche un débouché sur la Méditerranée pour le canal du Midi. En même temps, le roi Louis XIV a besoin d’établir une rade pour abriter les galères royales des tempêtes du Golfe du Lion, et d’un port d’exportation des produits du Languedoc… Missionné par le ministre Colbert, le chevalier de Clerville, ingénieur du roi, identifia le Cap de Sète, jusqu’alors inhabité, comme le site le plus approprié pour la création d’un port…
Les travaux débutent dès le 29 juillet 1666 avec l’édification du môle Saint-Louis qui protège encore aujourd’hui l’entrée du vieux port et sur lequel s’élève le phare du même nom. Terminé vers 1680, le môle est équipé d’un simple fanal qui signale l’entrée du port aux navires.
La tempête d’octobre 1683 emporte le musoir carré du môle et son fanal. Il ne reste qu’un îlot en pierre encore visible appelé « estron » ou “pilon”. Un nouveau musoir arrondi, dirigé vers le nord-est est surmonté d’un bastion avec batterie de canons. Une tour fanal ronde est reconstruite aussitôt et s’élève de 14 mètres. A cette époque, l’éclairage du phare est au bois et charbon. Il faudra attendre les années 1690 passe pour qu’il bascule sur un éclairage à l’huile.
